Kızkulesi'nin ulaşılmazlığı nedeniyle, insanlar onun içinde yaşanılanlar hakkında çok fazla bilgiye sahip olamamışlar ve içi ile ilgili hikâyeler anlatıp ve düşler kurmakla yetinmişlerdir. Kızkulesi ile ilgili anlatılan ilk hikâye; Ovidius'un kaydettiği bir aşk hikâyesidir. Hero ile Leandros adlı iki gencin hüzünlü aşkını anlatan bu hikâye, Hero'nun kuleden ayrılmasıyla başlar. Hero, Afrodit'in rahibelerindendir ve aşka yasaklıdır. Yıllar sonra Afrodit'in tapınağında yapılan bir törene katılmak için kuleden ayrılır ve orada Leandros ile karşılaşır. Birbirine aşık olan iki genç, Leandros'un gece kuleye gelmesi ile aşklarını kutsarlar. Kızkulesi her gece iki gencin gizli aşkına ve yasak sevişmelerine tanıklık eder. Leandros'un yüzerek kuleye geldiği fırtınalı bir günde Hero'nun yaktığı sevda ateşinin feneri söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros, Boğaz’ın sularına gömülür. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero da kendini Kızkulesi'nden Boğaz’ın sularına bırakır.

Kavuşamayan âşıklara atfen anlatılan bu hikâyeden başka bir de; Kleopatra'nın sonuna benzer bir sonun anlatıldığı yılan hikâyesi vardır. Kehanete göre kralın birine, çok sevdiği kızı onsekiz yaşına geldiğinde bir yılan tarafından sokularak öleceği söylenir. Bunun üzerine kral, denizin ortasındaki bu kuleyi onararak kızını buraya yerleştirir. Kaderin kaçınılmazlığını kanıtlarcasına, kuleye gönderilen üzüm sepetinden çıkan bir yılan, prensesin tenine süzülerek zehrini boşaltır. Kral, kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya'nın giriş kapısının üstüne yerleştirir. Bugün bu tabutun üstünde iki delik vardır. Yılanın, ölümünden sonra da onu rahat bırakmadığına dair hikâyeler anlatılır.

En son anlatılan hikâye ise Osmanlı Dönemi ile ilgilidir. Bu hikaye ise, Battal Gazi'nin askerleri ile Kızkulesi'ne baskın yaparak kuleye saklanan hazinelerin ve Üsküdar Tekfuru'nun kızını kaçırdığını anlatır. Battal Gazi, tekfurun kızı ve hazinelerini aldıktan sonra Üsküdar'dan atına atlayıp oradan uzaklaşmıştır. Çokça bilinen "Atı alan Üsküdar'ı geçti" lafı bu hikâyeden gelir. Bu hikâyeden günümüze gelen bir diğer şey de küçük kulemizin ismi ile ilgilidir. Diğer efsanelerdeki prenseslere de atfen Türkler buraya Kız-Kulesi ismini vermişlerdir. Antikçağ'da Arkla (küçük kale) ve Damialis (dana yavrusu) adları ile anılan kule, bir ara da Tour Leandros ismi ile ün yapmıştır. Bu eşsiz yapı, günümüzde ise "Kızkulesi" adı ile bütünleşerek, bu isimle anılmaya devam etmiştir.